Wie bei allen großen und schweren Hunden besteht bei dem Labrador Retriever die Gefahr einer Hüftgelenksdysplasie (HD) sowie einer Ellenbogendysplasie (ED). Die Zuchthunde der dem VDH angeschlossenen Vereine unterliegen deshalb einer Kontrolle: Zwingend nötig für die Erteilung einer Zuchtzulassung ist die Röntgenaufnahme der Hüft- und Ellenbogengelenke und deren Beurteilung durch einen vom Verein bestimmten Gutachter. Ergibt diese Beurteilung einen mittleren (HD-D) oder einen schweren (HD-E) HD-Grad, so wird der Hund von der Zucht ausgeschlossen. Ein HD-Grad C (leichte HD) bedeutet keinen grundsätzlichen Ausschluss von der Zucht, jedoch geht mit einer solchen Beurteilung die Auflage einher, dass der betreffende Hund nur mit einem Hund gepaart werden darf, der frei von HD ist (HD A1–A2). Bei der ED führt Grad II und III zum Zuchtausschluss.
Neben den oben geschilderten Skeletterkrankungen ist auch die Vererbung verschiedener Augenkrankheiten möglich. Hierbei handelt es sich um die Progressive Retinaatrophie (PRA), den erblichen Katarakt (HC) und die Retinadysplasie (RD). Im Falle von RD sind nur Hunde, die an der totalen Form (völlige Blindheit) erkrankt sind, von der Zucht ausgeschlossen, da sich bei den anderen Formen die Erblichkeit nicht nachweisen lässt. Zuchthunde müssen regelmäßig auf PRA, erblichen HC und RD getestet werden. Ein negativer Befund muss bei jedem Deckakt vorgelegt werden.Bei der PRA ist, sofern der Hund nicht bekanntermaßen PRA-freie Eltern hat, ein Gentest für die Zuchtzulassung erforderlich.
Epilepsie folgt beim Labrador einem polygen rezessiven Erbgang.
Eine weitere rassespezifische Krankheit ist die Labrador-Myopathie. Diese erbliche Muskelerkrankung folgt einem einfach autosomal rezessiven Erbgang und ist mit einem Defekt im cnm-Locus auf Chromosom 2 vergesellschaftet. Klinisch äußert sich die Erkrankung typischerweise ab dem Alter von 3 bis 4 Monaten, verläuft bis zum Alter von ca. einem Jahr progressiv und stabilisiert sich dann. Symptome sind schnelle Ermüdung bei Belastung, Megaösophagus, Muskel-Atrophie und Verlust des Patellarsehnenreflexes. Histopathologisch ist eine Atrophie der Typ-II-Muskelfasern feststellbar.
Ähnliche Symptome wie bei der Myopathie treten beim Exercise Induced Collapse (EIC) auf. Diese Krankheit wird ebenfalls autosomal-rezessiv vererbt, tritt hauptsächlich bei Labrador Retrievern auf und äußert sich dadurch, dass betroffene Tiere bei längerer starker Anstrengung zunächst einen schwankenden Gang entwickeln und schließlich kollabieren können. Nach einer Ruhepause tritt aber in der Regel eine vollständige Erholung ein.
Die Fibrinoide Leukodystrophie (Alexander’s Disease) ist eine sehr selten auftretende und sich schnell verschlechternde erbliche Erkrankung des Rückenmarks mit Lähmungen und Bewegungsstörungen. Sie entwickelt sich aus bislang ungeklärter Ursache innerhalb des ersten Lebenshalbjahres. Die Axonopathie des Labradors ist eine Degeneration der weißen Substanz, die bei Welpen mit Hinterhandschwäche beginnt und sich zu übersteigerten Bewegungen (Hypermetrie) mit Neigung zum Umfallen entwickelt.Der Erbgang ist vermutlich autosomal rezessiv. Beide Erkrankungen sind nicht behandelbar.
Die angeborene Harnleiterektopie tritt bei der Rasse ebenfalls überdurchschnittlich häufig auf.
Insgesamt hat der Labrador Retriever (ähnlich wie der Golden Retriever) eine für mittelgroße Hunde überdurchschnittlich hohe Lebenserwartung. In einer schwedischen Studie an 350.000 Hunden starben 7 Prozent aller Labrador Retriever vor dem Alter von fünf Jahren, 14 Prozent vor dem Alter von 8 Jahren, und 25 Prozent wurden keine 10 Jahre alt. Vergleichszahlen für den Durchschnitt aller Rassehunde liegen bei 22 % (bis 5 Jahre), 23 % (bis 8 Jahre) und 35 % (bis 10 Jahre); für Mischlinge wurden 16 %, 26 % bzw. 35 % gefunden.
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